《福建农业学报》被以下数据库和评价体系收录

• 美国《化学文摘》（CA）
• 英国《国际农业与生物科学文摘》（CABI）
• 英国《全球健康文摘》（GH）
• 英国《动物学记录》(ZR)
• 日本科学技术振兴机构数据库（JST）
• 联合国粮农组织《国际农业文献索引》 (AGRIS)
• 中国科学引文数据库（CSCD）(2019-2020) 
• 《中文核心期刊要目总览》2017年版（第八版）、2014年版（第七版）
• 中国科技核心期刊（历年）
• RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）
• 中国农业核心期刊（2006，2010）

 《福建农业学报》历年获奖情况

• 福建省首届优秀科技期刊奖（1992）
• 福建省第二届优秀科技期刊二等奖（1996）
• 华东区首届优秀期刊奖（1997）
• 全国首届学术期刊CAJ-CD规范执行优秀奖（2000）
• 第三届全国优秀农业期刊奖（2002）
• 第四届全国优秀农业期刊二等奖（2004）
• 第五届全国优秀农业期刊金犁奖（2006）
• 科学出版社期刊出版质量优秀奖（2015）